В канун геноцида 1915 армянское население Малатии составляло 25 тыс. человек, из коих 15 тыс. проживало в городе, остальные—в 10 уцелевших селах.

Осенью 1914 был зверски убит правитель Малатии (албанец по происхождению), который ознакомил армян с секретной инструкцией правительства относительно предстоящих погромов, В феврале-марте 1915 первыми из малатийцев были истреблены 1506 дорожных строителей (в местностях Чифтлик и Мамуран).

20 марта новый правитель потребовал от армян сдать оружие, и подавляющая часть армянского населения сдала его. В апреле турецкий полиция арестовала 8и представителей армянской интеллигенции. Всех их убили в тюремных застенках.

В мае, в окрестностях города четники истребили большую группу армянских интеллигентов, депортированных из Харберда. 10 июня было расстреляно 35 дашнакских и гнчакских деятелей. В это же время, в окрестностях Малатии было разоружено и убито 120 военнослужащих—армян. Еще 500 малатииских армян было вырезано у с. Ордуз.

С 30 июня тремя караванами начала осуществляться депортация армянского населения Малатии. Депортированных истребляли при переправе через Евфрат, в Суруче, Дейр эз-Зоре, у с. Гохма, в ущелье Деирмеи-Дереси, в окрестностях Урфы и по пути в Фрнджилар.

Когда 3 ноября 1916 в Малатию прибыл Талаат паша, армянского населения здесь уже не было. В целях сокрытия следов чудовищного преступления, он приказал уничтожить все официальные документы об армянский резне. По той же причине были уничтожены и исламизированные армяне.

В 1918, после капитуляции Турции в первой мировой войне, около 2 тыс. армян возвратились в Малатию, однако в 1919 кемалистские власти возобновили преследования. В 1921 дома армян были преданы огню.

В 1923 на возвращение армян в Малатию был наложен запрет. В 1924—25 часть малатийских армян вынужденно эмигрировала в Сирию и Европу.

Многие из оставшихся приняли магоментанство.

В 1947 в Малатии насчитывалось 500, а в 60-х гг.— 200—300 армян, большая часть исламизированных и тюркоязычных. Часть малатийских армян в 1927 репатриировалась из разных стран в Армянскую ССР.