С переходом большей части гагрского района под контроль грузинской администрации проблем у армянской общины прибавилось. Вошедшие в город грузинские войска занялись повальными грабежами. Вначале разгрому подверглись брошенные дома этнических абхазов, однако уже в первую неделю пребывания грузинские войска начали совершать насильственные действия в отношение армян и русских (позже грабили и грузин). Армянская диаспора через своих представителей активно занималась каждым фактом противоправных действий в отношение армянского населения. Однако уже в начале сентября грузины и армяне оказались на грани вооруженного конфликта. Напряженные отношения возникли из-за того, что грузинские гвардейцы, которые действовали в городе без контроля, ограбили главу гагрской общины «Маштоц» Чакряна. Когда представители общины попытались решить этот вопрос мирным путем, обратившись в гагрскую администрацию, их арестовали и передали в руки боевиков военизированного формирования «мхедриони», которые попытались устроить самосуд. Только личное вмешательство главы Гагры Михаила Джинчарадзе, который встал на пути расстрельной команды, спасло людей от гибели. Испугавшись расправы, глава «Маштоца» Арсен Чакрян выехал из города, отказавшись от поста главы армянской общины. На его место пришел бывший учитель армянской школы Хачик Минасян, человек мягкий и дипломатичный. Новый глава общины сумел спустить конфликт на тормозах понимая, что невооруженные люди не смогут противостоять вооруженным до зубов грузинским боевикам, которых активно поддерживала большая часть местных грузин. Единственное на что пошла община – был озвучен строгий приказ о том, чтобы армянское население ни в коем случае не участвовало в боевых действиях на грузинской стороне. Проблемы армянской общины на этом не закончились. Видя свою полную безнаказанность, грузинские боевики все чаще участвовали в нападениях на армянские дома, вынуждая людей бежать из города, бросая имущество на разграбление.
