В начале 1960-х годов отец Самуелян по состоянию здоровья вернулся в Вену, где и скончался. Вместо него богослужения вел священник Вецо Баич. Настал 1963 год — однажды утром неизвестный человек пришел к Баичу и без всяких объяснений потребовал ключи от церкви. На следующий день начался снос единственной армянской церкви, сохранившейся на территории Югославии…”.
О сносе церкви заговорили еще в 1959 году. Свидетельство этому — письмо генерального Аббата Конгрегации венских мхитаристов Месропа Гапозяна в МВД Социалистической Федеративной Республики Югославии:
“Как нам стало известно, уже долгое время в газетах Нови Сада говорится о сносе нашей церкви по адресу Народных героев, 13.
9 октября 1959 года наш представитель отец Самуелян, который одновременно является настоятелем церкви, был вызван в Секретариат по финансовым делам, где ему сообщили, что городские власти намерены забрать армянскую церковь, т.е. снести ее.
23 декабря 1959 года священник церкви обратился в Управление по защите памятников Нови Сада, с письменной просьбой о сохранении церкви, так как она взята под его защиту с 1951 года. Отец Самуелян был извещен о том, что Управление по охране памятников уже дважды (13 марта и 24 октября 1959 года) в этой связи обращалось в Совет по культуре Нови Сада.
В этой ситуации обращаемся к Вам, господин министр, с полной уверенностью в скорой помощи ради спасения нашей 200-летней церкви, имеющей историческую ценность. Верим, что мы вправе обратиться именно к министру, так как уже в 1949 году дом для священников при церкви был снесен в связи с городской застройкой. В этот раз пострадает церковь, которая провозглашена историческим памятником. Для нас было бы очень больно видеть разрушение церкви, поскольку она и несколько надгробных памятников остались последними следами памяти о некогда многочисленной и влиятельной армянской колонии Нови Сада и Петроварадина.
В ожидании благоприятного решения моей просьбы остаюсь верен господину министру
Месроп Гапозян
Генеральный Аббат Конгрегации
венских мхитаристов
Вена, 12.01.1960 г.”
От армянской колонии Нови Сада остались документы, редкие реликвии, захоронения. В 1932 году при проведении канализации в здании Апелляционного суда, напротив армянской церкви, под грунтом сооружения было обнаружено семь хорошо сохранившихся скелетов. Это подтвердило предположение о существовании здесь армянского кладбища еще в 1834 году. По окончанию канализационных работ кости, найденные во дворе Апелляционного суда, были снова перезахоронены на прежнем месте.
На католическом кладбище сохранились могилы священников-мхитаристов, служивших в Нови Саде. Роскошный склеп династии Ченази (Джаназизян) за памятной плитой на месте бывшей армянской церкви словно олицетворяет память об армянской колонии Нови Сада.