В конце 1920-х гг. он был закрыт и использовался под склады, конторы, мастерские, что привело к разорению и значительным разрушениям. В августе 1992 г. храм был возвращен общине. Началась сложнейшая реставрация здания. Была выполнена гидроизоляция фундамента, сняты балки перекрытий, уродливо делившие интерьер на два этажа.
На огромной площади купола, свода алтаря, на парусах под куполом произведена расчистка уцелевшей масляной живописи, затем выполнена ее реставрация.
Полностью восстановлена отделка цветным искусственным мрамором поверхностей стен и колонн. Заново натуральным мрамором выстлан пол. Восстановлены крест на куполе и алтарь. В процессе реставрации были обнаружены две мраморные купели со скульптурным рельефом. На их поверхности высечены даты "1782" и "1784". Чудом сохранившиеся ровесницы храма, они также пережили все превратности его 220-летней истории.
12 июля 2000 года
восстановленная церковь была совместно освящена главами родственных и дружественных церквей Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II
и Верховным Патриархом-Католикосом
Всех Армян Гарегином II
Армянская церковь св. Екатерины вновь открыта для прихожан, и гармония облика восстановленного храма напоминает о далеком времени становления армяно-российских отношений.
http://st-catherine.nm.ru/index.dhtml