В 1865 году Грегором Менделем (Брно) были открыты фундаментальные законы наследственности, которые не были оценены современниками. Лишь в 1900 году они были переоткрыты де Фризом, Корренсом и Чермаком, что явилось стартом для ряда фундаментальных исследований механизмов наследования. Сторонники телегонии в качестве ее существования ссылаются на пример с рыжей кобылой графа Мортона (см. выше) и на случай с породистой свиноматкой, у которой после случайного покрытия ее диким кабаном, после последующих случек с хряком ее породы рождалось потомство с шерстным покровом, подобным таковому у дикого кабана. Но в обоих случаях (и с кобылой и со свиньей) нельзя исключить возможность проявления у потомков признаков отдаленных предков (признаков дикого типа). О такой возможности свидетельствуют и отмеченные селекционерами факты проявления, например, у потомства от кобыл, не покрытых зеброй, полосатости ног; рождения котят иной масти (окраса) у белых кошек (или от обоих белой масти родителей) и др.

Кроме того, зоологам и животноводам известны факты физиологической консервации спермы в половых путях самки, в том числе и у млекопитающих животных, о чем говорится в ряде научных публикаций (Г.Ю.Максудов, В.А.Артюшкова, 1989; Б.Н.Вепринцев, Н.Н.Ротт, 1978). Явление физиологической консервации спермы отмечено у представителей всех классов позвоночных животных и у человека, с разной длительностью сохранения ее оплодотворяющей способности.

Например, у птиц сперматозоиды сохраняются функциональными до 70-80 дней, у млекопитающих - от нескольких дней до нескольких месяцев. Не исключено, что такая сохраняющаяся в женских путях сперма и может участвовать в оплодотворении при последующих половых актах с другим половым партнером.

Как пишут в своей популярной публикации ведущие специалисты в области генетики и молекулярной биологии проф. М.М.Асланян и академик РАН А.С.Спирин (1997), гипотеза о телегонии в конце XIX века была проверена известным селекционером К.Юартом и им не было получено никаких доказательств явления телегонии. В его экспериментах от скрещивания 8 чистопородных кобыл с жеребцом зебры было получено 13 гибридов-зеброидов. Затем этих 8 кобыл покрывали жеребцами их породы. Ни у одного из 18 родившихся жеребят не было выявлено никаких признаков зеброидов.

Отсутствие доказательств в пользу явления телегонии было получено в начале ХХ века известным русским селекционером и новатором Ивановым И.И., который также проводил эксперименты со скрещиванием кобыл с зебрами.

Профессора М.М. Асланян и А.С. Спирин приводят в своей публикации схему и результаты экспериментов, посвященных реципрокному переносу чистопородных доимплантационных эмбрионов кроликов от самки одного окраса (черного), самке другого окраса (белой) и наоборот. Во всех экспериментах окрас рожденного крольчонка оставался генетически исходным - т.е. сохранялся генотип и фенотип крольчих - доноров эмбрионов. Специалисты справедливо заключают о том, что и теоретические основы генетики (ее законы) и результаты генетически корректных экспериментов полностью отвергают явление телегонии. Встречающиеся же случаи рождения потомства с признаками, отсутствующими у их родителей, имеют иное объяснение с позиций современной генетики и биологии развития (см.выше).