После нападения Германии на Советский Союз восточные земли Речи Посполитой также оказались под немецкой оккупацией. В убийствах поляков, главным образом интеллигенции, вместе с немцами участвовали украинские батальоны СС и полиции. Пользуясь внешней схожестью евреев и армян, армяно-католические священники выдавали евреям фальшивые документы о крещении, тем самым спасая их от уничтожения. За это был арестован гестаповцами управляющий львовской армяно-католической епархией Дионизы Каетанович. Только после ходатайства перед оккупационными властями украинского греко-католического митрополита его освободили под большой денежный залог. Невзирая на давление немецких оккупантов, Каетанович отказался от участия в вербовке армян из числа советских военнопленных для специальных частей, призванных воевать на стороне вермахта.
В последние годы войны на восточных землях Речи Посполитой настоящий террор осуществляли отряды Украинской повстанческой армии (УПА). После уничтожения евреев пришла очередь поляков и армян, которых издавна отождествляли с поляками. Бандеровцы систематически сжигали одну за другой польские деревни, убивали жителей — в отсутствие воюющих мужчин большей частью стариков, женщин и детей. Зверства превосходили все мыслимые пределы. Женщины подвергались насилию, детей бросали на острые концы решетчатых оград, разбивали им головы о стены домов, людей заживо четвертовали с помощь топоров и пил, прибивали вилами к дверям овинов, сжигали в домах и костелах. Такой же налет был организован и на местечко Куты в Восточных Карпатах с армянской общиной, говорившей на уникальном диалекте. Спускаясь по вечерам с гор, бандеровцы уничтожили за три дня в Кутах около двухсот человек. Через несколько месяцев подобная резня повторилась в селе Банилов над рекой Черемош на Буковине, где также проживали армяне.
После Второй мировой войны, по решению совещаний в Ялте и Потсдаме, границы Польши были сдвинуты на запад. Польское население переселялось с территорий, отошедших к СССР, на запад, на "возвращенные земли", конфискованные у немцев. Вместе с польскими репатриантами выехали почти все поляки армянского происхождения, еще раз подтвердив свою привязанность к Польше. Они забирали с собой семейные реликвии, церковную утварь, предназначенную для новых приходов в Польше.
Тем временем в 1945 году во Львове состоялся показательный процесс над армянско-католическими священниками, которых НКВД обвинило, как и греко-католиков, в сотрудничестве с немцами. Трое обвиняемых были осуждены и сосланы в Сибирь. Последний управляющий армяно-католической епархией Дионизы Каетанович так и не вернулся из воркутинских шахт. В 1946 году Львовский армянский кафедральный собор был закрыт, вскоре здесь расположилось хранилище Украинского национального музея. Храм был передан Армянской Апостольской церкви только незадолго до приезда во Львов римского папы — поляка Иоанна Павла II, который 25-го июня 2001 года посетил эту святыню.
